Īpaši vērtīgi kolekciju eksemplāri ir Latvijā, Eiropā un pasaulē reto un aizsargājamo sugu paraugi. Nenoliedzami, ka būtiskākais ir saglabāt sugu atradnes savvaļā, bet, strauji samazinoties bioloģiskajai daudzveidībai, svarīgs ir ikkatrs centiens sugu saglabāt un atjaunot, tajā skaitā, veidojot dzīvo augu krājumus botāniskajos dārzos. Primārais uzdevums katram botāniskajam dārzam ir iegūt pēc iespējas vairāk vietējās floras retās sugas, kā to nosaka Globālā stratēģija augu saglabāšanai, bet būtiska LU Botāniskā dārza loma ir arī pasaulē retu sugu kolekcionēšana un audzēšana augiem piemērotos apstākļos.